한메타자연습 다운로드

이 연습을 위해, 우리는 앞쪽에 nares 바디 사이트 (샘플 SRS019215)에서 유전자를 사용 합니다. 이 파이프라인은 ncbi bmtagger (제일 성 냥 tagger) 공구를 식별 하 고 제거 하기 위하여 사용 한다 인간 읽는다 metagomic 순서에서. 이 연습을 위해, 우리는 인간의 오염 물질의 50:50 믹스로 구성 되어 모의 데이터 집합을 사용-hmp 프로젝트에서 판독 및 필터링 인간 1000 게놈 프로젝트에서 읽습니다. 이 연습에서는 12 개의 하드 구개에서 추출한 커뮤니티와 12 개의 부착 된 keratinized 잇 몸 구강 사이트를 나타내는 hmp 16s rrna 시퀀스를 사용 합니다. 이 연습은 hmp wgs를 사용 하 여 중간 질 및 질 introitus 사이트에서 추출한 미생물 커뮤니티를 나타내는 읽습니다. 이 파이프라인은 유전자 찾아내고는 및 다른 하류 분석을 허용 하기 위하여 충분히 긴 지역 사회에서 존재 하는 유기 체의 재건 조각에 “매우 좋은 집합” 적당 한 시도를 생성 하기 위하여 이용 된다. 이 버전의 파이프라인에서는 soapdenovo v. 1.04을 사용 합니다. hmp 전체-metagome 어셈블리 프로토콜 파이프라인에 대 한 자세한 설명을 제공 합니다. 이 연습에서는 hmp 앞쪽 nares 본문 사이트의 샘플을 사용 합니다. 이 연습에서는 hmp illuminina wgs 읽기-샘플 SRS018671의 샘플 데이터 집합을 사용 합니다.

초기 hmp 연습은 클라우드 컴퓨팅 플랫폼에 대 한 선택적인 지원이 있는 강력 하 고 사용자 친화적 이며 완전 자동화 된 소프트웨어 패키지에 최첨단 게놈 도구를 통합 한 데스크톱 응용 프로그램 clovr을 활용 합니다. clovr 휴대용 가상 머신을 바탕 화면이 나 vm 웨어 또는 버추얼 아래의 노트북에서 시작으로 배포 됩니다. 이 연습에서는 웹 브라우저에서 액세스할 수 있는 clovr 대시보드를 사용 하 여 bowtie aligner를 설정 및 실행 하는 방법에 대 한 간단한 예제를 제공 하며 결과 출력을 분석 합니다. 우리는 참조 게놈 포도 상 구 균에 전방 nares 몸 위치 (견본 SRS019215)에서, 추출 된 읽는다 metagomic wgs를 맞출 것 이다. 현재 연습에 대 한 질문이 있거나 추가 연습을 제안 하거나, 피드백을 제공 하거나, 향후 연습의 베타 테스트에 참여 하려는 경우 피드백 양식을 통해 문의 하십시오. 절연, 선택, 그리고 젤 매트릭스에 하나의 세포의 polony 증폭 enter 키를 누릅니다. 만약 당신이 정확 하 게이 시점에 당신이 콘솔에 메시지가 나타납니다: 어셈블리 및 분석 소프트웨어는 인간 미생물 facs-mabe 탐험에 대 한 모든 것을 다 했어요: 방법 정렬 및 풍요롭게로 서 인간의 말 초 직감 소설에서 아직 경작 되지 않은 세균성 종족 질 박테리아의 순화를 위한 경작 방법 인간 미생물는 주인 인간에 근본 및 무료 한 유전 및 변화 분 대를 공헌 한다.